Çeviren: Ümit Sözbilir
Düzenleyen: Barış Bayraktar
CERN, COVID-19’un arkasındaki virüsü daha iyi anlamayı amaçlayan gönüllü bilgi işlem girişimlerinin bilgi işlem kaynaklarına katkıda bulunuyor. Girişim, protein moleküllerinin dinamiklerinin benzetimini yapmak için dağıtılmış bir bilgi işlem projesi olan Folding@home platformunda yürütülüyor. Dünyanın dört bir yanındaki insanlar bilgisayarlarına, proteinlerin nasıl katlandığına ve hareketlerinin çeşitli hastalıklara nasıl karıştığına dair karmaşık benzetimler gerçekleştirmeye yardımcı olmak amacıyla bilgisayarlarının yedek işlem gücünden yararlanacak yazılımlar yükleyebilirler. İlke, CERN’ün kendi gönüllü bilgi işlem platformu olan LHC@home’un temelini oluşturuyor.
Diğer virüsler gibi COVID-19’dan sorumlu olan virüs de konakçıların bağışıklık sistemlerini baskılamak için kullanılan proteinlerin yanı sıra kendi kendini kopyalama için proteinlere sahiptir. Folding@home, bu proteinlerin daha iyi anlaşılmasını sağlayacak çalışmaları destekliyor. Bu çalışma ile proteinlerin işlevlerini engelleyebilecek ve böylece virüsü durdurabilecek yeni ilaçlar geliştirmeye yönelik ilk adım atılmış olacak.
Laboratuvardaki protein yapılarını belirlemek için birçok yöntem mevcut olsa da bu yaklaşımlar belirli bir zamanda ancak bir şekil ortaya koymaktadır. Bu nedenle bilgisayar benzetimlerinin, proteinlerin üç boyutlu yapısının zaman içinde nasıl değişebileceğini belirlemede önemli bir rolü vardır. Viral proteinler söz konusu olduğunda, bu, ilaçların proteine saldırmak ve işlevini durdurmak için kullanılabileceği yeni yerler ortaya çıkarabilir.
Dünya çapında Folding@home’a katkıda bulunan kişi sayısı son haftalarda hızla artış gösterdi. Sistemin maksimum toplu hesaplama gücü neredeyse 2,5 exaFLOPS ve bu değer şu anda dünyanın en iyi 500 süper bilgisayarınınkinden daha fazla.
CERN, ana veri merkezinden yaklaşık 10.000 bilgisayar çekirdeğine katkıda bulunmaktadır. Ancak bu, CERN ekibinin Folding@home için tamamladığı “iş birimlerinin” yaklaşık üçte birini oluşturur. Geri kalanlar doğrudan LHC bilgi işlem siteleri tarafından yapılan katkılardan gelir. Hep birlikte ele alındığında, CERN ve LHC bilgi işlem ekibi 21 Nisan itibarıyla en büyük 87. katılımcı oldu.
CERN BT bölümünün Bilgi İşlem ve İzleme grubundaki Kaynak Hazırlama Bölümünün Lideri Jan van Eldik, “CERN veri merkezinden katkı, emekli olması gereken makinelerden geliyor.” diyor. “Bu kaynakları kullanarak CERN’in OpenStack bulutunda Folding@home’u çalıştıran sanal makineleri başlatmak için hızlı bir yöntem geliştirdik.”
WLCG (Worldwide LHC Computing Grid, Dünya Çapında BHÇ Bilgi İşlem Izgarası) Proje Lideri Simone Campana, “LHC deneylerinin iş birliği ile WLCG’deki bilgisayar siteleriyle benzer ‘tarifleri’ (kullanılabilir düğümlerin Folding@home’a katkısını en üst düzeye çıkarmak için) paylaştık.” Bu, sitelerin finansman organlarıyla yaptıkları sözleşmelere uygun olarak katkıda bulunmasını kolaylaştırmalıdır.
Campana’dan 2008’den Ocak 2020’ye kadar WLCG proje lideri olarak görev yapan Ian Bird, “ABD’deki The Open Science Grid ayrıca Folding@home’a da önemli bir katkı sağlıyor. CERN’de, gerekirse Folding@home’un sunucu altyapısı için destek sağlamayı teklif ettik.” dedi.
ABD’deki Washington Üniversitesi Tıp Fakültesinde doçent olan Greg Bowman liderliğindeki Folding@home’un işletilmesi ve geliştirilmesinde bir dizi araştırma kurumu yer almaktadır. Tabii ki Folding@home, COVID-19 ile mücadeleye yardımcı olmak için çalışan birçok büyük ölçekli dağıtılmış bilgi işlem çabasından sadece biridir. Rosetta@home, insanların evden katkıda bulunabilecekleri bir başka gönüllü bilgi işlem girişimidir. Avrupa’da da önemli çalışmalar yürütülmektedir: örnekler arasında İtalyan Nükleer Fizik Enstitüsü’ne ait veri merkezlerindeki çalışmalar ve EGI e-altyapısı tarafından desteklenen WeNMR platformunda HADDOCK hizmetinin kullanılması yer almaktadır.
Kaynak: https://home.cern/news/news/cern/cern-contributes-computers-combatting-covid-19
